В состав структурных подразделений Раифского СУВУ входят представители всех категорий работников. Непосредственное руководство и управление осуществляет директор учреждения. Правовой статус сотрудников, функции и полномочия определяются федеральными законами, Уставом и внутренними положениями. Деятельность Раифского СУВУ обеспечивают следующие подразделения:
Учебно-производственные мастерские
Кадетский корпус «Раифский Витязь»
Социально-психологическая служба
Финансово-экономическая служба